Správa tuzemské železnice pod taktovkou SŽDC

SŽDC také přijímá žádosti dopravců, kteří chtějí na státních dráhách provozovat dopravu. Jednu trať může užívat více společností a SŽDC jim přiděluje kapacitu dopravní cesty. Dopravce hradí správci infrastruktury poplatek za užívání dráhy. Maximální výše této sumy je stanovena cenovým výměrem Ministerstva financí ČR.

Začátek SŽDC jako samostatné organizace se datuje k 1. lednu 2003. Od té doby prošla organizace řadou změn. Do 30. 6. 2008 SŽDC objednávala u dalších společností provozování státních drah. Provozovatelem většiny ze zhruba 9 500 km státních drah v ČR byly České dráhy. ČD a SŽDC uzavřely smlouvu, na jejímž základě národní dopravce zajišťoval i údržbu drah.

Počátkem prosince 2004 vláda Mirka Topolánka rozhodla, že od 1. dubna 2008 má být funkce provozovatele dráhy pro celostátní dráhu i regionální dráhy vlastněné státem převedena z Českých drah právě na SŽDC. To se také stalo a k 1. červenci 2008 se některé činnosti z ČD přesunuly na SŽDC. Šlo například o údržbu tratí či vydávání jízdního řádu. Tím se rovněž vylepšily rovné konkurenční podmínky pro všechny dopravce. Oficiálně se stala SŽDC provozovatelem dráhy, samotné řízení provozu výpravčími a dispečery však zatím zůstalo v rukou ČD.

V prosinci 2010 se vláda Petra Nečase rozhodla oddělit i řízení provozu a infrastrukturu od Českých drah. A tak 9480 zaměstnanců řízení provozu přešlo v září 2011 z Českých drah pod SŽDC. Týkalo se to výpravčích, signalistů, hradlařů, hláskařů či závorářů. Od 1. září 2011 bylo u SŽDC zaměstnáno celkem 18 041 lidí.

Začátkem roku 2012 se začala připravovat smlouva o majetkovém vyrovnání s ČD a zvažovala se i možnost, že by SŽDC měla převzít staniční budovy. K tomu ale došlo až o čtyři roky později. První etapa zahrnovala prodej budov a pozemků pod nimi, druhá fáze se bude týkat převodu pozemků pod kolejišti. V současnosti se připravuje.